- Аппарат управления
 - Отдел микробиологии
 - Лаборатория химического изучения биологически активных соединений микробного происхождения
 - Лаборатория химической трансформации антибиотиков
 - Лаборатория фармакологии и химиотерапии с виварием
 - Лаборатория фармакокинетики и фармакодинамики
 - Лаборатория мутагенеза и селекции продуцентов биологически активных соединений с Группой питательных сред
 - Лаборатория биосинтеза биологически активных веществ
 - Лаборатория разработки методов поиска биологически активных соединений
 - Лаборатория синтеза антибиотиков, преодолевающих резистентность (САПР)
 - Лаборатория биосинтеза антибиотиков
 - Совет молодых ученых